Пакетный инструмент можно сделать таким, чтобы его можно было вызывать напрямую из командной строки. При использовании других IDE этот инструмент может автоматически создавать rbl-файл из командной строки.
Аналогично:
QBootPackager_V1.02.exe --config=./stm32.ini fw.rbl