Поскольку в NME есть только два атома, невозможно создать плоскость, поэтому нельзя найти наиболее разумный вариант гидрирования с помощью геометрических методов. Можно рассмотреть ACE и NME как запасной вариант: если в pdb есть такой residue, игнорировать ACE и NME и автоматически добавлять конформации ACE и NME.