MindSPONGE

Введение

MindSPONGE (MindSpore Simulation Package tOwards Next Generation molecular modelling) — это модульный, высокопроизводительный и полностью автоматизированный программный пакет для моделирования молекулярных систем следующего поколения, разработанный на основе MindSpore.

Программа была разработана совместно командой разработчиков MindSpore из лаборатории Шэньчжэньского залива и экспериментальной лабораторией Чангпин в Пекинском университете.

Разработчики: Ян И, Чен Ди Цин, Чжан Цзюнь, Ся И Цзе.

Контакты: yangyi@szbl.ac.cn.

Архитектура программного обеспечения

Руководство по установке

• MindSPONGE разработан на основе платформы искусственного интеллекта Huawei MindSpore для всех сценариев использования. Перед использованием программы необходимо установить MindSpore: https://mindspore.cn/.

• Перед установкой MindSPONGE необходимо сначала установить среду зависимостей:

pip install -r requirements.txt

• Компиляция программы:

export CUDA_PATH={your_cuda_path}
bash build.sh -e gpu -j32

• Готовые whl-пакеты находятся в каталоге dist. Для установки можно использовать pip:

pip install mindsponge-[gpu|ascend]

Использование

Инструкции по использованию доступны в каталоге tutorials:

Базовые инструкции:

tutorial_b01.py: создание моделируемой системы вручную. tutorial_b02.py: создание моделируемой системы с использованием шаблонов и параметров поля сил. tutorial_b03.py: редактирование системы и минимизация энергии. tutorial_b04.py: моделирование МД с потенциалом смещения. tutorial_b05.py: моделирование МД при периодических граничных условиях. tutorial_b06.py: минимизация энергии и моделирование МД для белковых молекул. tutorial_b07.py: алгоритм LINCS для ограничения.

Расширенные инструкции:

tutorial_a01.py: метрики и коллективные переменные. tutorial_a02.py: потенциал смещения и метадинамика. tutorial_a03.py: оболочка энергии и интегрированный темперинг. tutorial_a04.py: смешанное усиление выборки и MetaITS.

Блог-инструкции:

Сборник инструкций MindSponge в блоге [постоянно обновляется...].

Участие и вклад

1. Форк этого репозитория.
2. Создайте ветку Feat_xxx.
3. Отправьте код.
4. Создайте запрос на слияние.