На самом деле, в репозитории Git не следует хранить так много версий продукта. Достаточно использовать Tag для маркировки версий.
Хранение большого количества версий может замедлить процесс обновления.
Если необходимо сохранить версии, рекомендуется переместить их в папку Release. На верхнем уровне должна быть непосредственно кодовая база.