if(key_check_state(KEY_1, KEY_PRESS_LONG) && key_check_state(KEY_2, KEY_PRESS_LONG))
{
         // Комбинация клавиш 1
}
if(key_check_state(KEY_1, KEY_PRESS_LONG) && key_check_state(KEY_3, KEY_PRESS_LONG))
{
         // Комбинация клавиш 2
}

После отпускания клавиши KEY_2 и повторного длительного нажатия на клавишу KEY_1 будет активирована комбинация клавиш 1.
После отпускания клавиши KEY_2 и одновременного длительного нажатия на клавиши KEY_1 и KEY_3 существует вероятность активации комбинации клавиш 1.