1 В избранное 0 Ответвления 0

OSCHINA-MIRROR/aBugsLife-spectral-pretreatment-method

Присоединиться к Gitlife
Откройте для себя и примите участие в публичных проектах с открытым исходным кодом с участием более 10 миллионов разработчиков. Приватные репозитории также полностью бесплатны :)
Присоединиться бесплатно
Клонировать/Скачать
Внести вклад в разработку кода
Синхронизировать код
Отмена
Подсказка: Поскольку Git не поддерживает пустые директории, создание директории приведёт к созданию пустого файла .keep.
Loading...
readme.md

Список алгоритмов

  • Стандартное нормальное преобразование SNV
  • Многомерное рассеяние корректировка MSC
  • Функция сглаживания Savitzky-Golay SG
  • Скользящее среднее move_avg
  • Первый порядок разности D1
  • Второй порядок разности D2
  • Преобразование волной wave
  • Центрирование по среднему значению mean_centralization
  • Нормализация standardlize
  • Нормализация максимум-минимум max_min_normalization
  • Нормализация вектора vector_normalization

Большое спасибо @panxy0826 за открытость, часть этого Tool была взята и модифицирована от данного автора.

Быстрое использование

0. ОПАСНОЕ УВЕДОМЛЕНИЕ

Если ваши навыки программирования слабые, а понимание Python недостаточное, то не рекомендуется использовать этот проект. Код этого проекта не был тщательно протестирован, поэтому нет гарантии его универсальности. Если вы сделали структурные изменения в этом проекте, обязательно сообщите мне, чтобы я мог сделать соответствующие изменения.

1. Импорт данных

# Импортировать pandas для чтения данных
import pandas as pd
import numpy as np
# Чтение данных
data = pd.read_csv("./data/peach_spectra_brix.csv")
# m * n 
print("Матрица данных data.shape:", data.shape)
# 50 образцов, 600 волновых диапазонов, первая колонка - уровень сахара в персиках, её следует отделить
X = data.values[:, 1:]
```### 2. Отображение данных
```python
from pretreatment import Pretreatment as pre
p = pre()
# Этот метод создан для быстрого примера
# Пример тестирования, имя файла, начальная точка диапазона волн, шаг
p.PlotSpectrum(X, 'Пример', 0, 5).show()
## Для обеспечения правильного отображения данных, пожалуйста, преобразуйте матрицу в формат numpy.ndarray
type(X)

изображение-20211018212653707### 3. Предварительная обработка данных

Многомерное рассеяние корректировка MSC

msc = p.msc(X)
p.PlotSpectrum(msc, 'msc', 0, 5).show()
image-20211018212754142

Стандартное нормальное преобразование SNV

snv = p.snv(X)
p.PlotSpectrum(snv, 'snv', 0, 5).show()
image-20211018212821032

Функция сглаживания Savitzky-Golay SG

# Эти параметры даны как пример, подробное описание будет далее
sg = p.SG(X, 4 * 5 + 1, 2 * 3, 2)
p.PlotSpectrum(sg, 'sg', 0, 5).show()

image-20211018212847272#### Скользящее среднее move_avg

move_avg = p.move_avg(X)
p.PlotSpectrum(move_avg, 'move_avg', 0, 5).show()

image-20211018212913863

Первый порядковый разностный ряд D1

D1 = p.D1(X)
p.PlotSpectrum(D1, 'D1', 0, 5).show()

image-20211018212939808

Второй порядковый разностный ряд D2

D2 = p.D2(X)
p.PlotSpectrum(D2, 'D2', 0, 5).show()

image-20211018212958282

Вейвлет преобразование wave

wave = p.wave(X)
p.PlotSpectrum(wave, 'wave', 0, 5).show()

image-20211018213018343

Центрирование по среднему значению mean_centralization

mean_centralization = p.mean_centralization(X)
p.PlotSpectrum(mean_centralization, 'mean_centralization', 0, 5).show()

image-20211018213038106

Нормализация standardlize

standardlize = p.standardlize(X)
p.PlotSpectrum(standardlize, 'standardlize', 0, 5).show()

image-20211018213059006

Нормализация максимальным и минимальным значениям max_min_normalization

max_min_normalization = p.max_min_normalization(X)
p.PlotSpectrum(max_min_normalization, 'max_min_normalization', 0, 5).show()

image-20211018213117138

Нормализация вектора vector_normalization

vector_normalization = p.vector_normalization(X)
p.PlotSpectrum(vector_normalization, 'vector_normalization', 0, 5).show()

image-20211018213156529

Примечания

Первоначально следует указать, как использовать эти методы, а затем добавить подробное объяснение принципов их работы. Пример данных взят с nirpyresearch.com

Комментарии ( 0 )

Вы можете оставить комментарий после Вход в систему

Введение

Описание недоступно Развернуть Свернуть
WTFPL
Отмена

Обновления

Пока нет обновлений

Участники

все

Недавние действия

Загрузить больше
Больше нет результатов для загрузки
1
https://api.gitlife.ru/oschina-mirror/aBugsLife-spectral-pretreatment-method.git
git@api.gitlife.ru:oschina-mirror/aBugsLife-spectral-pretreatment-method.git
oschina-mirror
aBugsLife-spectral-pretreatment-method
aBugsLife-spectral-pretreatment-method
master