Слияние кода завершено, страница обновится автоматически
Обработка генома
Путь:Предварительная обработка: последовательности для сравнения, фильтрация результатов сравнения, сканирование колинеарности, вычисление KS
Поиск с помощью HMMER (скрытые марковские модели)
Оценка распределения количества тандемных повторов
Основной программный выбор:inner
Форматирование данных typing
Визуализация inner
outer
Форматирование данных typing
Визуализация outer
part: локальная визуализация тандемных повторов
Разделение типов репликации членов семьи:
Фильтрация колинеарности
Тандемная репликация
Ближняя репликация
Дублирование всего генома
Репликация с помощью транспозонов
Разбросанная репликация
Отображение KS
Дублирование всего генома KS
Блоковое отображение KS
Круговое отображение колинеарности всего генома
Локальное отображение колинеарности
Команды
pip install xx/xx/famCircle-*.*.*.tar.gz
pip install xx/xx/famCircle-*.*.*-py3-none-any.whl
Команды``` pip install famCircle
## Настройка программы
Путь установки /famCircle/conf.ini
[ini] hmmer_path = ~/bin/
clustalw_path = ~/bin/clustalw
muscle_path = ~/bin/muscle
mafft_path = ~/bin/mafft
yn00_path = ~/bin/yn00
pal2nal_path = ~/bin/pal2nal.pl
## Использование программы
### help
famCircle -h
### Настройка файлов, пример outer
famCircle -o ? > total.conf # Замена famCircle -o ? >> total.conf # Добавление
#### Файл GFF
! [Пример файла GFF](gff.png)
    Столбцы файла GFF слева направо соответствуют:
    Хромосома, Идентификатор гена, Начальная позиция, Конечная позиция, Строка (положительная или отрицательная), Относительное положение гена на хромосоме, Примечания
#### Файл lens
! [Пример файла lens](lens.png)
    Столбцы файла lens слева направо соответствуют:
    Хромосома, Количество нуклеотидов на хромосоме, Количество генов на хромосоме
#### Файл blast
! [Пример файла blast](blast.png)
    Файл blast использует стандартный формат M8
#### Файлы CDS и PEP
! [Пример файла CDS](cds.png)
! [Пример файла PEP](pep.png)
    Файл CDS содержит последовательность нуклеиновых кислот генов, а файл PEP — последовательность белков, соответствующих этим генам
    Оба файла имеют формат FASTA
#### Файл колинеарности
! [Пример файла колинеарности](wgdi.png)
    Пример файла колинеарности имеет формат [результата колинеарности WGDI](http://wgdi.readthedocs.io/en/latest/collinearity.html), а также поддерживает результаты сканирования колинеарности из MCScanX
#### Файл KS
! [Пример файла KS](ks.png)
    Программа поддерживает [результаты вычисления KS из WGDI](http://wgdi.readthedocs.io/en/latest/ks.html), а также результаты вычисления KS из встроенных модулей программы
#### Файл HMM (скрытая марковская модель)
! [Пример скрытой марковской модели](hmm.png)    Программа использует [скрытые марковские модели геновых семейств из PFAM](http://pfam.xfam.org/)
#### Файл семейства
! [Пример файла семейства](family.png)
    Файл семейства генов генерируется программой, начальный файл содержит только первую колонку с идентификаторами генов семейства. После классификации семейства добавляется вторая колонка с цветом (разные категории имеют разные цвета).
famCircle -o total.conf
    Из-за ограничений на изображения в Gitee, ниже приведены примеры, взятые из скриншотов программы. Изображения, сгенерированные программой, имеют гораздо более высокое разрешение.
#### [filter_unit]# Фильтрация blast файла
    blast = old blast file# Старый blast файл
    number = 10# Количество лучших несамосвязанных пар
    outfile = new blast file# Выходной файл
#### [circle_all]# Общая схема коллинеарности
    lens1 = lens1 file# Файл длины хромосом для вида 1
    lens2 = lens2 file# Файл длины хромосом для вида 2
    gff1 = gff1 file# Файл GFF для вида 1
    gff2 = gff2 file# Файл GFF для вида 2
    genepairs = block file# Файл сопоставления коллинеарности между видами
    genepairsfile_type = MCScanX# Поддерживает результаты MCScanX и ColinearScan
    block = 6# Минимальная длина блока коллинеарности
    savefile = save file (*.png, *.pdf)# Форматы выходных файлов
#### [line]# Локальная схема коллинеарности
    genepairs = pairs file
    genepairsfile_type = WGDI# Поддерживает результаты WGDI
    lens1 = lens1 file# Файл длины хромосом для вида 1
    lens2 = lens2 file# Файл длины хромосом для вида 2
    gff1 = gff1 file# Файл GFF для вида 1
    gff2 = gff2 file# Файл GFF для вида 2
    chr1_name = chr1 name# Название хромосомы 1
    chr2_name = chr2 name# Название хромосомы 2
    savefile = savefile(.png,.pdf)# Поддерживает форматы .png и .pdf
#### [Ks]# Многопоточное вычисление Ks
    cds_file = cds file# Файл CDS
    pep_file = pep file# Файл PEP
    align_software = muscle# Использует muscle для многопроцессорного выравнивания
    pairs_file = gene pairs file# Файл пар генов
    ks_file = ks result# Файл результатов Ks
#### [Ks_block]# Кolineарные гомологичные геновые блоки ks ядерной плотности графика
    ks = ks файл# Ввод ks файла
    area = 0,2.5
    model = YN00/NG86
    genepairs = блоковый файл
    genepairsfile_type = WGDI
    block = 6
    savefile = файл для сохранения (*.png, *.pdf)
#### [circle]# Коалинейные ks круговые диаграммы
    lens1 = lens1 файл
    lens2 = lens2 файл
    gff1 = gff1 файл
    gff2 = gff2 файл
    genepairs = genepairs файл
    genepairsfile_type = MCScanX
    ks = ks файл
    Ks_concern = 0,1.5# Диапазон ks
    block = 6
    savefile = сохранить файл (*.png, *.pdf)
#### [hmmer] Идентификация геновых семейств
    pep = pep файл#файл белковых последовательностей
    cds = cds файл#файл CDS
    hmmmoldpath = hmm файл#путь к файлу с моделью HMM геновых семейств
    format_conversion = False
    comparison = clustal#многосекционный алгоритм выравнивания
    e_value1 = значение1#установка порога для построения специфического файла HMM
    e_value2 = значение2#установка порога для отбора кандидатов геновых семейств#### [circle_family]#Диаграмма распределения геновых семейств
    lens = lens файл
    gff = gff файл
    genepairs = блок файл
    genepairsfile_type = MCScanX
    genefamily = семейство файл#файл кандидатов геновых семейств
    block = 6
    savefile = сохранить файл (*.png, *.pdf)
#### [screen]#Диаграмма распределения количества геновых семейств
    domainpath = домен файл#путь к файлу с результатами hmmsearch
    lens = lens файл
    gff = gff файл
    chro_name = имя хромосомы#название хромосомы
    series = 25#
    outpath = выходной файл
#### [typing]
    domainpath = файл домена
    domainlist = имя генома
    savefile = выходной файл#### [outer]#Распределение всех членов ген-семейства и внешний круг диаграммы tandem
    lens = файл линз
    gff = gff файл
    ks = ks файл
    pair_file = файл пар
    file_type = WGDI/BLAST#Поддерживает файлы WGDI и BLAST
    genefamily = файл семейства генов#Файл с кандидатами из ген-семейства
    Ks_concern = 0,0.15#диапазон значений Ks
    cluster = 16#расстояние между кластерами
    parameter = False
    savecsv = выходной файл (*.csv)
    savefile = сохраненный файл (*.png, *.pdf)
#### [inner]#Распределение ген-семейства и внутренний круг диаграммы tandem
    lens = lens file
    gff = gff file
    ks = ks file
    pair_file = pair file
    file_type = WGDI/BLAST#Поддерживает файлы WGDI и BLAST
    genefamily = family file#Файл с кандидатами из ген-семейства
    Ks_concern = 0, 0.15
    cluster = 16
    relation = False
    savecsv = out file (*.csv)
    savefile = save file (*.png, *.pdf)
#### [part]#Локальная колинеарность ген-семейства
    lens = lens file
    gff = gff file
    chro_name = chro name
    genefamily = family file
    pairs_file = outer/inner pairs csv
    interval = 0, 9000
    space = 0.005
    clusters = True
    savefile = save file (*.png, *.pdf)
    в процессе разработки#### [filterWGD]#
    gff = gff файл
    ks = ks файл
    min_ks = 0.0/0.0/другое
    colinearity_file = файл колинеарности
    colinearity_type = WGDI/ColinearScan
    block = 10
    multiple = множественный
    area1 = min,max
    savefile = файл сохранения (файл колинеарности WGD)
#### [tandem]#
Тандемные повторы распределения
    lens = файл длин
    gff = gff файл
    pair_file = файл пар
    file_type = BLAST
    ks = ks файл
    genefamily = файл семейства
    position = конец
    Ks_concern = 0,1.5
    outother = файлы вне (*.txt)
    outfile = выходной файл (*.txt)
    savefile = файл сохранения (*.png, *.pdf)
#### [proximal]#Проксимальные повторы распределения
    lens = lens file
    gff = gff file
    pair_file = pair file
    file_type = BLAST
    ks = ks file
    genefamily = family file
    position = end
    Ks_concern = 0, 1.5
    outother = out other (*.txt)
    outfile = out file (*.txt)
    savefile = save file (*.png, *.pdf)
#### [WGD_family]#Распределение после полного геномного удвоения
    lens = файл линз
    gff = файл GFF
    genepairs = файл пар
    file_type = famCircle
    ks = файл KS
    genefamily = файл семейств
    Ks_concern = 0,1.5
    outother = выходной файл (*.txt)
    outfile = выходной файл (*.txt)
    savefile = файл сохранения (*.png, *.pdf)
#### [trd]#Распределение транспонированных элементов
    lens = файл линз
    gff = файл GFF
    ks = файл KS
    genepairs = файл пар
    file_type = famCircle
    genefamily = файл семейств
    Ks_concern = 0,1.5
    outother = выходной файл (*.txt)
    outfile = выходной файл (*.txt)
    savefile = файл сохранения (*.png, *.pdf)
#### [dispersed]#Распределение разбросанных повторов
    lens = файл линз
    gff = файл GFF
    blast = файл пар
    ks = файл KS
    genefamily = файл семейств
    position = конец
    Ks_concern = 0,1.5
    outfile = выходной файл (*.txt)
    savefile = файл сохранения (*.png, *.pdf)
#### [family_pair]
    family_list = файл семейств
    gene_pair = файл пар генов
    pairfile_type = blast
    parameter = 5
    savefile = выходной файл
Вы можете оставить комментарий после Вход в систему
Неприемлемый контент может быть отображен здесь и не будет показан на странице. Вы можете проверить и изменить его с помощью соответствующей функции редактирования.
Если вы подтверждаете, что содержание не содержит непристойной лексики/перенаправления на рекламу/насилия/вульгарной порнографии/нарушений/пиратства/ложного/незначительного или незаконного контента, связанного с национальными законами и предписаниями, вы можете нажать «Отправить» для подачи апелляции, и мы обработаем ее как можно скорее.
Опубликовать ( 0 )