Haddеr — инструмент для добавления атомов водорода в специализированные белки

Многие базы данных белков часто используют метод удаления атомов водорода для хранения файлов структуры различных белков PDB. Это требует от нас вручную добавлять атомы водорода при построении реальной силовой поля. Этот открытый исходный код может помочь реализовать эту функцию.

Установка и использование

Этот инструмент поддерживает установку и обновление с помощью одной команды pip:

$ python3 -m pip install hadder --upgrade -i https://pypi.org/simple

Поддерживает вызов API-интерфейса Python для завершения добавления водорода:

from hadder import AddHydrogen
AddHydrogen('input.pdb', 'output.pdb')

Если запуск успешен, в окне терминала будет напечатано следующее сообщение:

1 H-Adding task with 3032 atoms complete in 0.116 seconds.

В версии 1.4 и выше после установки также можно использовать командную строку для добавления водорода:

$ python3 -m hadder -h
usage: __main__.py [-h] [-i I] [-o O]

optional arguments:
  -h, --help  show this help message and exit
  -i I        Set the input pdb file path.
  -o O        Set the output pdb file path.

$ python3 -m hadder -i input.pdb -o ouput.pdb # например, $ python3 -m hadder -i examples/case2.pdb -o examples/case2-complete.pdb
1 H-Добавление задачи с 3032 атомами завершено за 0,116 секунды.

Рекомендуется использовать абсолютные пути для индексации файлов независимо от того, используется ли API или командная строка. Использование относительных путей может привести к ошибкам индексации файлов.

Пример

В папке examples есть файл case2.pdb, который представляет собой белок без атомов водорода. Его структура показана на рисунке ниже:

После использования Haddеr для выполнения операции добавления водорода полученный результат выглядит следующим образом:

Вклад кода

Если вы хотите внести свой вклад в этот репозиторий, предоставив больше технической поддержки сообществу открытого исходного кода, пожалуйста, убедитесь, что ваш код соответствует стандарту PEP8, прежде чем отправлять запрос на извлечение (Pull Request). После завершения проверки он будет объединён с основной веткой.

Установка Flake8

Flake8 — это широко используемый инструмент проверки кода, который можно установить и управлять им с помощью pip. Однако, поскольку разные версии Flake8 могут обнаруживать разные проблемы, мы требуем использовать конкретную версию Flake8 3.8.4. Установить её можно следующим образом:

$ python3 -m pip install flake8==3.8.4

Использование Flake8

Перейдите в папку hadder и выполните следующую команду:

$ flake8

Если вывод пуст, это означает, что все файлы Python в текущем каталоге соответствуют требованиям стандарта. Вы можете отправить PR для проверки.

Рекомендуемые блоги

1. Взгляд на алгоритм добавления водорода в молекулы белка через Haddеr
2. Запуск Haddеr в форме скрипта
3. Основы структуры белковых молекул
4. Структура и названия атомов аминокислот