Медицинский Изображатель Тегов

Проект предназначен для Гарвардской медицинской школы. Пользователи могут присваивать теги медицинским изображениям внутри системы.

Инструкция по установке

Примечание:

• Мы будем предполагать, что вы установили Python 2.7 и MySQL 5.x на вашем компьютере.

Установка Django

Примечание: Python 2.7 требуется

1. Установите pip

   Для пользователей Ubuntu/Mint:

   apt-get install python-pip

   Или вы можете получить отдельный инсталлер pip.

2. Установите Django с помощью pip

   Для пользователей, которые уже установили pip

   pip install django==1.7.6

   Или вы можете установить Django вручную.

   Совет: Чтобы узнать больше информации об установке Django, посетите https://docs.djangoproject.com/en/1.6/intro/install/

Настройка MITagger

1. Откройте mitagger/settings.py.
2. Измените конфигурацию базы данных на линии 59.

Настройка базы данных

1. Чтобы подключиться к MySQL из Python, нам нужно установить mysql-python первым. Вы можете установить его с помощью pip:

   pip install mysql-python

   Совет: Если вы получаете сообщение об ошибке такого типа: EnvironmentError: mysql_config not found.

   Ссылка: http://stackoverflow.com/questions/7475223/mysql-config-not-found-when-installing-mysqldb-python-interface

2. Создайте базу данных с названием mitagger в MySQL.

3. Используйте следующую команду для создания таблиц в базе данных:

   cd /путь/к/приложению
   python manage.py syncdb

Установка дополнительного пакета

1. Установите libtiff для преобразования TIFF в JPG

   Для пользователей Ubuntu/Mint:

   apt-get install libtiff5 libtiff5-dev
   pip install --upgrade setuptools
   pip install --upgrade pip
   pip install numpy
   pip install -e svn+http://pylibtiff.googlecode.com/svn/trunk/

2. Установите Wand для преобразования TIFF в JPG

   Для пользователей Ubuntu/Mint:

   apt-get install libmagickwand-dev
   pip install Wand

3. Установите NLTK для обработки естественного языка

   Для пользователей Ubuntu/Mint:

   apt-get install libyaml-dev
   pip install nltk

4. Скачайте данные NLTK

   python 
   >>> import nltk 
   >>> nltk.download() 
   # Нажмите d для начала загрузки 
   >>> d 
   # Введите all для загрузки всех пакетов 
   >>> все 

5. Установите Elasticsearch

   Для пользователей Ubuntu/Mint: Elasticsearch работает на Java, если у вас нет JRE на вашем компьютере, пожалуйста, установите один.

   Например, мы используем OpenJDK7:

   apt-get install openjdk-7-jre

   Скачайте и установите открытый ключ подписи

   wget -qO - http://packages.elasticsearch.org/GPG-KEY-elasticsearch | sudo apt-key add -

   Добавьте следующее в ваш /etc/apt/sources.list для активации репозитория

   deb http://packages.elasticsearch.org/elasticsearch/1.3/debian stable main

   Выполните apt-get update, чтобы репозиторий был готов к использованию. Вы можете установить его с помощью:

   apt-get install elasticsearch

   Для пользователей RHEL/CentOS: Скачайте и установите открытый ключ подписи

   rpm --import http://packages.elasticsearch.org/GPG-KEY-elasticsearch

   Добавьте следующее в ваш /etc/yum.repos.d/ директории в файле с именем (например) elasticsearch.repo

   [elasticsearch-1.3]
   name=Elasticsearch repository for 1.3.x packages
   baseurl=http://packages.elasticsearch.org/elasticsearch/1.3/centos
   gpgcheck=1
   gpgkey=http://packages.elasticsearch.org/GPG-KEY-elasticsearch
   enabled=1

   И ваш репозиторий готов к использованию. Вы можете установить его с помощью:

   yum install elasticsearch

   Установите Elasticsearch bind для Python:

   pip install elasticsearch

Запуск сервера

1. Если вы хотите использовать это приложение на производственном сайте, используйте Apache с модулем mod_wsgi.

   Совет: Получите больше информации здесь https://docs.djangoproject.com/en/1.6/howto/deployment/wsgi/modwsgi/

2. Если вы просто хотите экспериментировать с этим приложением, просто используйте следующую команду:

   python manage.py runserver

   Если вы получите следующий вывод,

   Май 14, 2014 - 04:50:57
   Версия Django 1.6.4, использует настройки 'mitagger.settings'
   Запуск сервера разработки по адресу http://127.0.0.1:8000/
   Остановите сервер с помощью КОНТРОЛЬ-C.

   Приложение успешно установлено. И вы можете использовать приложение, посетив http://127.0.0.1:8000 в браузере.