Lammps: большой параллельный симулятор атомов и молекул

Явэй Лю

2021/12/28

• Lammps
  • Как скомпилировать свой собственный Lammps
    • Как скомпилировать свой собственный Lammps с CONP2

Как скомпилировать свой собственный Lammps

• Через MKL (работает только на чипах Intel)

  • Установите MKL, следуя инструкциям на официальном сайте.
  • Установите Lammps:
    • Скачайте последнюю версию Lammps.
    • tar zxvf <lammps***.tar.gz>.
    • Перейдите в каталог /path/to/lammps.
    • Создайте каталог build.
    • Переключитесь на каталог build:
    • Выполните команду cmake -C ../cmake/presets/most.cmake -D BUILD_SHARED_LIBS=on -D FFT=MKL -D FFT_SINGLE=no -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/usr/lammps ../cmake.
    • Затем выполните команду cmake --build .
    • После этого выполните команду cmake --install .
    • Наконец, выполните команду make install-python.
    • Добавьте Lammps к переменной окружения PATH (например, в .bashrc):
      • export PATH=$HOME/usr/lammps/bin:$PATH.
      • export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/usr/lammps/lib:$LD_LIBRARY_PATH.
      • export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/usr/lammps/lib64:$LD_LIBRARY_PATH.

• Через openmpi и fftw3

  • Установите openmpi:
    • В Mac используйте команду brew install openmpi.
    • В Ubuntu:
      • Скачайте последнюю версию openmpi.
      • Распакуйте архив с помощью команды tar zxvf <openmpi***.tar.gz>, перейдите в каталог /path/to/openmpi.
      • Выполните команду ./configure --prefix=$HOME/usr/openmpi.
      • Затем выполните команду make -j4 all; make install.
      • Добавьте openmpi к переменной окружения PATH (например, в .bashrc):
        • export PATH=$HOME/usr/openmpi/bin:$PATH.
        • export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/usr/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH.
  • Установите fftw:
    • В Mac используйте команду brew install fftw.
    • В Ubuntu:
      • Скачайте последнюю версию fftw.
      • Распакуйте архив с помощью команды tar zxvf <fftw***.tar.gz>, перейдите в каталог /path/to/fftw.
      • Выполните команду ./configure --prefix=$HOME/usr/fftw --enable-mpi --enable-shared=yes --enable-single.
      • Затем выполните команду make -j4 all; make install.
      • Добавьте fftw к переменной окружения PATH (например, в .bashrc):
        • export PATH=$HOME/usr/fftw/bin:$PATH.
        • export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/usr/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH.
  • Установите Lammps:
    • Скачайте последнюю версию lammps.
    • Распакуйте архив с помощью команды tar zxvf <lammps***.tar.gz>.
    • Перейдите в каталог /path/to/lammps.
    • Создайте каталог build.
    • Переключитесь на каталог build:
    • Выполните команду cmake -C ../cmake/presets/most.cmake -D BUILD_SHARED_LIBS=on -D FFT=FFTW3 -D FFT_SINGLE=no -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/usr/lammps ../cmake.
    • Затем выполните команду cmake --build .
    • После этого выполните команду cmake --install .
    • Наконец, выполните команду make install-python.
    • Добавьте Lammps к переменной окружения PATH (например, в .bashrc):
      • export PATH=$HOME/usr/lammps/bin:$PATH.
      • export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/usr/lammps/lib:$LD_LIBRARY_PATH.
      • export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/usr/lammps/lib64:$LD_LIBRARY_PATH.

Как скомпилировать свой собственный Lammps с CONP2

• CONP2 был включён в последнюю версию LAMMPS!!!

• Скачайте lammps-27May2021.tar.gz отсюда.

• Распакуйте архив с помощью команды tar zxvf <lammps***.tar.gz>.

• Загрузите conp2 с помощью команды git clone https://github.com/srtee/lammps-USER-CONP2.git.

• Перейдите в каталог lammps-USER-CONP2.

• Задайте переменную окружения LAMMPS_PREFIX=/path/to/lammps.

• Выполните скрипт ./install_cmake.sh.

• Перейдите в каталог /path/to/lammps.

• Создайте каталог build.

• Переключитесь на каталог build:

  • Если используете fftw3, выполните команду: cmake -C ../cmake/presets/most.cmake -D BUILD_SHARED_LIBS=on -D FFT=FFTW3 -D FFT_SINGLE=no -D PKG_USER-CONP2=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/usr/lammps ../cmake.
  • Если используете MKL, выполните команду: cmake -C ../cmake/presets/most.cmake -D BUILD_SHARED_LIBS=on -D FFT=MKL -D FFT_SINGLE=no -D PKG_USER-CONP2=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/usr/lammps ../cmake.

• Затем выполните команду cmake --build .

• После этого выполните команду cmake --install .

• Наконец, выполните команду make install-python.

• Добавьте Lammps к переменной окружения PATH (например, в .bashrc):

  • export PATH=$HOME/usr/lammps/bin:$PATH.
  • export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/usr/lammps/lib:$LD_LIBRARY_PATH или/и
  • export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/usr/lammps/lib64:$LD_LIBRARY_PATH.