Слияние кода завершено, страница обновится автоматически
MolSimulX
Molecular Simulation EXploration
Feel free to star and fork!
Any comments, suggestions, and questions? Open an issue or submit PRs!
Этот проект направлен на интеграцию инструментов и скриптов, используемых в наших молекулярных симуляциях веществ. Здесь также будут приведены соответствующие учебные пособия и примеры.
Рекомендуется использовать Mac OS, Ubuntu Os и другие ОС типа Linux. В Windows OS вы можете установить wsl Ubuntu, а затем использовать WSL Ubuntu в качестве подсистемы в Windows OS.
См. use_wsl_ubuntu.md для простого руководства по установке WSL Ubuntu в Windows OS и запуску WSL Ubuntu в vsode (см. рисунок ниже).
Более подробную информацию можно найти здесь о том, как установить WSL Ubuntu, и здесь, чтобы узнать, как использовать WSL Ubuntu invscode (см. рисунок ниже).
Перед установкой
Большинство программного обеспечения и пакетов устанавливаются с помощью команды code в Terminal.
Профиль bash
bash.
bash
~/.bash_profile в Mac и ~/.bashrc в Ubuntu (~ представляет домашний каталог пользователя).zsh (рекомендуется oh-my-zsh)
~/.zshrc как в Mac, так и в Ubuntu.source ~/.bash_profile илиsource ~/.bashrc илиsource ~/.zshrc.Установите компилятор
brew install gcc # для Macsudo apt install build-essential # для Ubuntugcc --version.brew install make # для Macsudo apt install make # для Ununtumake --version.brew install cmake # для Macsudo apt install cmake # для Ununtumake --version.brew install git # для macsudo apt-get install git # для Ubuntucd some_foldergit clone https://gitee.com/yliu3803/MolSimulX.gitcd MolSimulXgit pullpython и пакеты python
Установите miniconda (рекомендуется для ограниченного пространства для хранения) или anaconda (большинство пакетов python уже включены).
Установите пакеты Python, включая через conda.
conda install numpy pandas scipy matplotlib
conda install nodejs
conda install -c conda-forge MDanalysis MDAnalysisTests nglview
conda install -c conda-forge freud fresnel
pip install plato-draw
pip install wulffpack
pip install ase
Совет: Пакеты можно установить через... Пип или Конда, см. подробности в соответствующих официальных документах.
также можно найти в папке ilmdtoolkit/preprocess.
добавьте fftool в переменную среды PATH:
export PATH=путь_к_fftool:$PATH.также можно найти в папке ilmdtoolkit/preprocess.
распакуйте файлы и скомпилируйте пакет:
tar zxvf packmol.tar.gzcd packmolmakeдобавьте packmol в переменную окружения PATH:
export PATH=путь_к_packmol:$PATH.Jupyterlab — это веб-ориентированная интерактивная среда разработки для ноутбуков, кода и данных. Его гибкий интерфейс позволяет пользователям настраивать и организовывать рабочие процессы в области науки о данных, научных вычислений, вычислительной журналистики и машинного обучения.
Установка Jupyterlab
установите jupyterlab:
conda install jupyterlabсм. use_jupyerlab.ipynb для базового использования Python и пакетов в jupyterlab.
Эта папка содержит некоторые инструменты и файлы, используемые для настройки системы моделирования.
папка clandp содержит файлы топологии и силового поля для ИЖ, предоставленные Padua Group.
папка molecules содержит файлы топологии и силового поля для некоторых небольших молекул.
ions содержит файлы топологии и силового поля для некоторых ионов.
папка fftool содержит исходные коды fftool, который в сочетании с packmol, может быть использован для создания начальных конфигураций и файлов данных для МД-моделирования, выполняемого, например, в LAMMPS.
packmol.tar.gz содержит исходный код packmol.
Эта папка содержит некоторые инструменты/скрипты в сочетании с другими инструментами моделирования для выполнения специальных симуляций (например, методы редких событий).
Эта папка содержит несколько скриптов Python для анализа/визуализации данных моделирования (зависит от numpy, pandas, scipy и т. д.) и для создания окончательного отчёта (зависит от markdown, latex).
Базовое использование некоторых инструментов и пакетов.
use_git.md # базовое использование git.
use_jupyerlab.ipynb # базовое использование Python и пакетов в JupyterLab.
use_fftool.md # базовое использование fftool.
use_lammps.md # как скомпилировать собственный Lammps.
use_wsl_ubuntu.md # установка WSL Ubuntu и использование его с vscode.
Несколько простых примеров.
example_co2_eos: МД-симуляции для расчёта уравнения состояния CO$_2$, см. детали в co2_eos.ipynb.
python jupyterlab fftool packmol lammps mdanalysis nglview
example_BmimPF6_ACN_CG Крупнозернистые МД-симуляции смесей BmimPF6-ACN, см. детали в BmimPF6_ACN_mixture.ipynb.
python jupyterlab fftool packmol lammps mdanalysis nglview
example_Wulff_Ru_cluster построить кластер Вульфа Ru hcp. crystal, see details in wulff_Ru.ipynb
python, jupyterlab, ase, wulffpack, nglview
python, jupyterlab, ase, fftool, packmol, nglview.
python, jupyterlab, pandas, mdanalysis, nglview.
Project
В этих папках содержатся все коды и детали наших опубликованных работ.
Вы можете оставить комментарий после Вход в систему
Неприемлемый контент может быть отображен здесь и не будет показан на странице. Вы можете проверить и изменить его с помощью соответствующей функции редактирования.
Если вы подтверждаете, что содержание не содержит непристойной лексики/перенаправления на рекламу/насилия/вульгарной порнографии/нарушений/пиратства/ложного/незначительного или незаконного контента, связанного с национальными законами и предписаниями, вы можете нажать «Отправить» для подачи апелляции, и мы обработаем ее как можно скорее.
Комментарии ( 0 )